此外在生態方面，如果轉基因作物的相關基因向親緣野生種轉移，就會污染到整個種子資源基因庫，從而改變區域性植物基因，甚至是全球性植物基因，這將會對生態環境造成巨大危害。
并且，人類也是自然生態系統中的一部分，人們擔心，這些轉基因植物很可能還會危及到部分已植物喂食的動物基因，最終影響人類基因。
比如普斯泰事件，1998年秋，蘇格蘭Rowett研究所的普斯泰在電視臺發表講話，聲稱他用轉雪花蓮凝集素基因的馬鈴薯喂大鼠，大鼠食用后“體重和器官重量嚴重減輕，免疫系統受到破壞”。
加麻大的轉基因油菜超級雜草事件，1995年，加麻大首次商業化種植了通過基因工程改造的轉基因油菜。
但在種植后的幾年里，人們在油菜地里發現了個別油菜植株可以抗13種除草劑，進而有人稱此為“超級雜草”。后來經過調查，產生這種油菜植株的原因，是由于農民在收獲轉基因油菜種子時部分遺落到田間，第二年再種新的油菜品種時，原來的種子發芽成熟后與新的品種之間發生基因漂移所致。
1999年應該的權威科學雜志《自然》刊登了米國康乃爾大學教授約翰·羅西的一篇論文，指出蝴蝶幼蟲等田間益蟲吃了撒有某種轉基因玉米花粉的菜葉后會發育不良，死亡率特別高。
還有好些類似的事件，雖說有些事件后被正式是誤傳，但并沒有減輕人們對于轉基因技術和轉基因農作物的憂慮，反而加重了不信任感。
人們認為，既然這些轉基因植物能夠影響其它農作物，甚至影響動物，那么人類在接觸和使用這些轉基因植物又或者是被轉基因動植物所污染的植物和畜禽，很可能人類的基因也會被污染，從而產生一些疾病，對人體造成傷害。
另外基因技術采用耐抗菌素基因來標識轉基因化的農作物，在基因食物進入人體后可能會影響抗生素對人體的藥效，作物中的突變基因可能會導致新的疾病。
轉基因技術中的蛋白質轉移可能會引起人體對原本不過敏的食物產生過敏，分割重組后的新的蛋白質性狀是否完全符合我們設想的需求有待研究論證其的安全性。
還有基因的人工提煉和添加，有可能增加和積聚食物中原有的微量毒素，以及不可預見的生物突變，會使得原來的毒素水平提高，或產生新的毒素。
甚至對于生態系統而言，轉基因食品是對特定物種進行干預，人為使之在生存環境中獲得競爭優勢，這必將使自然生存法則時效性破壞，引起生態平衡的變化。且基因化的生物、細菌、病毒等進入環境，保存或恢復是不可能的，其較化學或核污染嚴重，危害更是不可逆轉。
雖說目前民眾對于轉基因技術的擔憂仍未消除，但事實上轉基因農作物已經在悄悄間進入到了我們的生活之中。
很可能我們所購買的某種食物的原材料中，既有轉基因原材料。而市場上所標注的那些非轉基因農產品中，有多少是真的，又有多少只假的呢。
當然了，大家也不必太過擔心。從目前的一系列研究報告上來看，轉基因技術和目前市場上的一些轉基因農作物都是安全的，并不會對人產生營銷，造成危害。
而且多個國際組織，如世界衛生組織（WHO），經濟合作與發展組織（OECD），世界衛生組織（WHO），聯合國糧農組織（FAO）國際科學理事會，歐盟委員會等等國際和區域性組織都表示，目前尚未顯示轉基因食品批準國的廣大民眾食用轉基因食品后對人體健康產生了任何影響，目前上市的所有轉基因食品都是安全的，可以放心食用。
從世界大的發展環境來看，即便是轉基因技術可能會有一些負面影響，但相比于其帶來的積極影響和所做出的巨大成績相比，還是不值得一提的。
畢竟目前全世界還有好幾千萬人口是處于饑餓線一下的，還有十幾億人的食物種類單一，營養缺乏，從而造成嚴重的發育不良。
所以如果這項轉基因技術能夠幫助這些人擺脫饑餓，實現溫飽，幫助那些人實現食物種類多樣化，增強營養，促進發育的話。
那即便是有一些風險，也是值得去大力推廣的。
不過在發達國家，對于這種轉基因技術以及轉基因技術運用的相關動植物，農作物，還是處于謹慎態度。
而我們國家對于這一塊的管控也非常的嚴格，相關的實驗種植都是需要進行申請的。只有獲得批準后，才可以進行。否則的話，將會受到嚴格處罰。
比如曾經有人私自種植了數十畝的轉基因玉米，被當地相關機關查獲后，隨即對于這數十畝轉基因玉米進行推到，并將這些未成熟的轉基因玉米桿全部收集起來進行掩埋，和焚燒。
此外對于當事人，當地也進行了拘留和罰款。
所以即便是各個研究所，在進行相關的轉基因技術試驗的時候，也是需要申請的。
比如這種新型轉基因梭梭樹，下一步，楊芳他們將會把它放在戶外進行一定規模的種植。一方面呢則是檢驗這種新型轉基因梭梭樹基因的穩定性，另外一方面呢則是檢驗這種新型轉基因梭梭樹在自然環境下的表現以及對于惡劣自然環境的適應程度。
除了這種新型轉基因梭梭樹，還有楊芳向吳浩許諾的一百畝玫瑰園，這個也是需要申請的。因為楊芳他們的培育除了的這種轉基因玫瑰花，也是屬于轉基因作物，需要進行嚴格管控的。
并且按照相關要求，這些用于實驗的轉基因植物，必須嚴格監管，防止其種源外泄。并且要求相關的顯花植物，也就是種子植物，在種子成熟前就進行移除清理，或者是進行可靠防護，避免種子外流，對周邊自然生態環境造成影響。
這只是官方態度，在民間社會上，因為一些長期反基因技術斗士們的不懈努力，民間對于轉基因技術和轉基因植物可謂當做是洪水猛獸，避之不及。
所以想讓國內的民眾接受這種新型轉基因植物，恐怕還有很長一段路要走呢，更別說是大規模種植運用了。