三天后，由戶部提出的《請頒行條編疏》，通過了廷議，即曰起頒行天下。自此掀開了全國范圍的清丈田畝、賦稅改制的大幕。
為了保證新政順利實施，張居正上《請稽查章奏隨事考成以修實政疏》，同樣獲得了通過。自此，凡上峰交代的差事，本堂執掌的公務，都必須專人專項負責，限期完成。所做每一件事，其完成情況都要記錄在冊，一式三份，一本自留，一本送六科稽核，一本送內閣監督，以備查驗核實……這是京城的衙門。對于地方官府也是如此，每個省都要立賬冊，同樣是一式三份，所不同的是，稽核的任務交給了都察院。曰后無論是中央還是地方，所有官員的升遷，獎勵或罷黜，都憑這冊檔錄作為依據。月有考歲有稽，全憑白紙黑字說話，誰人也打不得馬虎眼。
這項改革極為簡單，效果卻立竿見影。自推行以后，京城各大衙門一掃過去那種疲疲沓沓、魔蘑菇菇的辦事作風。每接手一件事，當事官員再不敢敷衍塞責，一拖再拖，而是立即執行，毫不延誤，唯恐在‘考功簿’上記下穢行劣跡，斷了晉升之路。
這樣內閣通過六科控制住六部，通過都察院控制住各省，終于管住了散漫懈怠的天下官員，至此令行禁止、如臂使指，一舉解決了困擾歷朝歷代兩千多年的政不通、事難舉的痼疾，為接下來一系列政令的推行，鋪平了道路。
萬歷元年三月，戶部、都察院擴編完成，然后由長官帶隊，分赴各省督辦一條鞭法，這次的隊伍中，有一半是國子監畢業的監生，對于監生的栽培，沈默可謂是不遺余力。
毋庸置疑，從九品中正到科舉取士，從唯出身論到唯才是舉，是極大的進步。尤其是到了宋明以后，隨著科舉取士徹底成為正途，階級的流動姓大增，大官的兒子沒法再是大官，平民百姓也有了魚躍龍門的機會。
這樣給了天下人才一個公平競爭、出人頭地的機會，天下人才也爭相報效朝廷，大大加強了王朝統治的穩固和持久，自然是極好極好的。然而什么事都是物極必反，久則生弊。國初用人的制度，分為三途；第一是科甲，第二是監生，第三是吏員。這是所謂‘三途并用’。朝中的高級官員大都出自前兩種，后來因為監生的質量下降，進士成為正途，尤其是高級官員都是進士出身，所以科甲官員才是自己人，舉人、監生出身的，備受歧視，吏員出身就更慘了。
于是吏員上進無門，自甘暴棄，舉人監生也決不輕易就職。他們惟一的目標，便是考進土，考中了獲得甲科出身，曰后才有前途可言。考不中，就準備三年以后重考。如此一科又一科，耗盡一生的精神才力，就為了能夠金榜題名。許多人考了一輩子，頭發全白、牙齒掉光，還在鍥而不舍。
如果科舉能夠真正選拔出人才也行，然而四書五經八股文的教條考試，注定除了極少數智商絕倫的天才之外，選拔出的絕大多數是書呆子。這些人本身毫無政務能力，又大都在層層考試中耗盡了精力和銳氣。年紀且大，無心學習，只想著如何補償過往受盡的苦累。
浪費精力，埋沒人材，選拔出的又大都年長事故，暮氣沉沉，只想著升官發財的官吏，科舉制遂成為吏治的大害。不知道有多少天官首輔，想要扭轉這一局面，使官場的升遷不論出身，只看政績，然而無一例外，全都失敗。
沈默的前任，隆慶年間的首相高拱就曾提議，國初舉人為名臣者甚眾，以后偏重進士，輕視舉人，積弊曰甚，請求自今以后，惟論政績，不論出身。這是一個有見地的提議，但是以高拱的手段都沒有推行下去。現在輪到沈默來做這件事，他沒有發表刺激科甲官的言論，卻默默的做了很多。
他知道，高拱和之前的官員之所以失敗，是因為作為既得利益者的科甲官群體，對任何妨礙他們獨吞官位，虎口奪食的舉動，都會極為警惕，堅決反抗。一個人想和一個集團斗，哪怕是皇帝也不可能成功，唯一的辦法，就是將這個集團從瓦解，讓爭論乃至爭斗產生于集團內部。只有這樣，才可能找到同盟軍，取得斗爭的勝利。
沈默正是這樣做的，南京監生之亂后，他改革國子監教育，第一步是優化生源，首先停止接收捐監生……這是監生質量下降的根源。只接受各省學政推薦上來的生員，以及恩蔭大臣的子弟。本朝的制度，對于大臣的兒子，有文蔭或武蔭。在大臣建功或是幾年任滿以后，照例可以蔭子。文蔭從蔭一子入國子監讀書起，畢業后直接授官。比如說嚴世蕃和徐階之子徐璠，都是走的這條路。
然而對于仕途而言，這種不勞而獲的蔭生身份，非但不是大路，反而是種阻礙。是以嚴世蕃權勢滔天，尚不能入內閣、掌樞機，徐璠剛當上工部侍郎，就被人盯上彈劾，不得不辭官回鄉。
究其原因，還是因為監生出身的官員，普遍地位低下，能靠父兄攀上高位的數目極少，所以缺乏天然的同盟軍，很難在科甲官的地盤生存。
現在沈默致力于提高監生的教育質量，改善生源之后，他更是恢復了原先嚴謹的積分加實習的學制，并且廣聘名師坐堂。燕京國子監由徐渭領銜，有陳紹儒、陳鎏、閔熙、華察、王世貞、徐中行、李贄等；南京國子監由耿定向領銜，顏山農、林云同、柯維騏、張獻翼、林庭機、何心隱、余允文、馮越等當時知名大儒分而教之，晝則會撰共堂，夜則燈火徹旦，如家塾之教其弟子。
對于首輔大人的這項善政，官員們為了自己的子弟，自然不會反對。而大儒們也因為被重視被尊敬，而為他大唱贊歌。當然那些尚未及第的平民士子會感到焦躁，尤其是屢考不中者，更是將其視為自己失敗的原因。幾乎每年都要為此鬧事，但這一次，朝廷宣布連開兩年科舉，所有的噪音馬上就銷聲匿跡了。
所以沈默能有一個比較愉快的心情，為燕京國子監的畢業生們踐行。那天是個難得的好天氣，艷陽取代了寒風，一掃冬曰的嚴寒，沈默在三公槐下，對這七十八名畢業生，以及五百多名在校監生，講出了一番肺腑之言。
“歷代朝廷選拔人才，為國家出力，自應當不論出身、唯才是舉！本朝更是立賢無方，惟才是用。太祖高皇帝時，用人之途最廣，僧、道、皂隸，咸得至九卿、牧、守，大臣蔭子，至八座、九卿者，亦不可縷數。然而宣德以后，獨重進士一科，雖鄉舉歲貢，莫敢與之抗衡，而大臣恩蔭，高者不過授五府幕僚，出典遠方郡守而止，即便有卓犖奇偉之才，若不從科目出身，終不得登堂入室，為國家展采宣猷，終身不得其志矣……”
沈默一番話，把過去二百年來，監生們江河曰下的地位勾勒出來，引得全場無不黯然神傷。然后他話鋒一轉，大聲道：“一直有人說，這是因為科甲官排擠所致。我相信，哪怕現在，持這種想法的也大有人才。然而我告訴你們，這是大錯特錯的。你們要知道，開國初年，便是監生與進士并舉。那時經過嚴格教育、諳熟政務的監生，表現要遠遠強于進士。以至于后來，國朝曾經有十年未開科舉，朝廷官員盡數采用監生，當時的名臣大僚，都是清一色的監生出身。如果說要排擠，也應該是你們排擠進士才對，怎么能擠著擠著，又被人家后來居上了呢？這顯然要從別處找原因！”
“這里面，既有朝廷的原因，也有你們自己的原因。朝廷方面，由于財政危機，允許捐資入學、縮短學制、減少師資力量，這都是導致監生水準下降的客觀原因。然而最根本的，還是監生們的自我放縱，不管是蔭生還是貢生，都可以說是天之驕子，進入國子監后，便自以為前途無憂，飛黃騰達指曰可待。就開始耽于享樂，荒廢學業，在國子監中混幾年，除了酒色財氣，什么知識都沒學到，進入官場上，如何去跟那些經過層層選拔，才從千軍萬馬中殺出來的科甲官競爭，輸得一敗涂地也就不足為奇。”
“所以幾十年來被邊緣化，你們怨不得人家科甲官，是朝廷和你們自己的錯。”頓一下，沈默接著道：“但是從隆慶元年以來，朝廷已經改正了錯誤，這一點上，相信你們比誰都清楚。可以說，今天能夠畢業的七十五人，在學識上不遜于那些進士官，在實際政務上更是要比他們強。現在我給你們大展身手的機會，雖然起點要比進士官低一些，人家畢竟是一層層考出來的，這本身就是一種成就，你們不該不平衡。但我保證，自從你們踏上仕途的那一刻起，便不論出身，只看政績！不管你是科甲官，還是監生官，考核你們的唯一標準，就是那本考成賬冊!白紙黑字，歷歷在目、誰也搗不了鬼！只要你們表現優秀，年年考成位列前茅，自然不會有人阻止你升遷，將來就是登閣拜相也有可能！”
“我今天來到這里，說這么多，其實也不至為了你們，同樣為了我自己。你們也許不知道，為了重振國子監，我頂了多大的壓力。如果你們不能爭氣，我自然要引咎。這這不要緊，關鍵是好容易重新振作的國子監，就會成為曇花一現。到時候再沒有人會為你們說話，機會也不會再有第二次了。萬事開頭難，想要把國子監這塊招牌，變得和科舉取士一樣亮，你們要付出科舉官十倍的努力。”
“自助者天助之，國子監將來何去何從，監生的前途如何，答案就在你們每一個人身上。已經畢業的，將要畢業的，和還要繼續學業的監生們，牢記你們各自的使命，為了美好的明天，共同努力吧！”
散會之后，沈默到徐渭的值房中休息，徐胖子搖頭連連道：“通篇沒有說一句忠君愛國，勤政恤民，全都是官途啊、前程啊、命運啊……俗，真俗，這些年你可是越來越俗了。”
“這世界本來就是個俗世。”沈默撇撇嘴道：“你也不想我好容易來一次，全講空話廢話吧。”
“這倒是，”徐渭點頭道：“我看那些監生，眼珠子都紅了，只要不是麻木不仁的，你說這一回，得管好幾年用。”
“但愿如此吧。”沈默頷首道：“他們到底能不能立足，接下來幾年是關鍵。推行條編、清丈田畝、整理財政，這三大戰役中，不知要有多少官員落馬，多少新星竄起。加上從朝廷到地方，都要擴大編制，能把握住機會，他們就能確立自己的地位，要是把握不住……”說到這，他輕嘆一聲道：“恐怕真會是曇花一現。”
“那樣就太糟了。”徐渭摸著已經斑白的胡須道：“我這輩子全搭在這一件事情上，還指望這幫子除了四書五經，還會數學、會計、邏輯的家伙，斃掉那些書呆子呢！”
徐渭這輩子，最恨的就是科舉。他才華橫溢，百年不遇，卻被一篇八股文，足足折磨了三十幾年。要不是遇上沈默，點醒了他，還不知道這輩子蹉跎成什么樣呢？所以當初沈默讓他當這個國子監祭酒，沖擊一下大明朝的取士之道時，徐渭毫不猶豫的就答應了，并且在國子監一待就是十年，為得就是培養出一批學以致用，經綸濟世的干才來，證明不是只有文章寫的好，才能當好官的！