數萬流民，分了孔府的糧食，劫了曲阜的縣庫，殺了縣令和孔家一百多成年男丁，然后就散了活，而且散的很徹底。這樣的事情，一看就是有組織的行動。
但是陳燮在奏本中寫：賊聞大軍至，散而走之，待臣至曲阜，賊走一空。念民生之苦，刀斧相加，恐激起更大之民變。臣已就近調集糧食，撫恤饑民，不使再變。此事因臣視察不細而起，故請辭山東巡撫一職。
濟南方面的奏折先一步到了京師，內閣立刻送到朱由檢跟前。張秉文、宋光蘭聯袂上奏，東昌、兗州二府，奸商與文武官員勾結，沆瀣一氣，盜賣庫糧，罪大惡極。事情敗露，自戕者有山東都指揮使、兗州分守道、兗州知府、濟寧知州、任城衛指揮使、濟寧守備。
這些人自殺的原因，其實不是盜賣庫糧，而是因為衍生民變，導致孔府被毀。這三個罪加起來，肯定沒救了。看看東昌府，不就沒有自殺的官員么？百姓沒鬧起來就沒事。
奏折中還強調了，青州府、萊州府、登州府、濟南府，這四個府一切太平。東昌府流民在省城及時運糧賑濟之后，也恢復了平靜。夏收即將開始，山東之亂無虞。
如何處置山東官員，內閣里分了兩派，一派是孔貞運為代表，要求嚴懲山東官員。為首者陳燮、張秉文、宋光蘭，更要嚴懲。不過孔貞運一個人鬧騰沒用。溫體仁等人則認為，陳燮事先有視察旱情，要求各府做好準備，成果是不錯的。關鍵是地方官員欺瞞，聯手作假，陳燮短期視察，很難能看出端倪。當前大局之下，還是下旨斥責為上。
就是說，眼下夠亂了，就不要再生事端了。陳燮是什么人？你當他是軟柿子啊？他手里有兵。大明最能打的兵。你撤他的職，還能怎么地？難不成派人去抓他？要去你去，我們不干。再說，這事情算在陳燮的頭上。也不合適。陳燮頂多是個領導責任。斥責兩句就行了。
朱由檢很自然的偏向了陳燮。這個沒啥好說的。東昌的奏報，先一步上來了。對不之后發現，兩邊說的差不多。說明陳燮沒有欺君。這事情還沒定論，陳燮的奏折也到了，一看陳燮請辭，孔貞運又來勁了。這位閣老，平時沒啥言語，那是被溫體仁壓的狠。現在事關孔家，雖然他是江蘇人，但架不住他姓孔啊，有理由發言。
山東的事情，內閣里爭議不休，朱由檢也在猶豫。朝臣彈劾海也來了，都是奔著山東群臣去的。不止一個陳燮，這是要山東官場滅團的架勢。很自然地，反對的一方開始還擊，誰當官沒幾個同年座師來著？開始吵，朝會上吵，散朝了彈劾吵。
有趣的是，這些人吵架的范疇，其實就兩個字“責任”。絲毫沒人去提，山東旱情如何，災民安置如何。就是在咬著民亂孔家被破一事，王八咬人不松口。
文臣吵架，朱由檢心里很不爽。為啥？很簡單，山東的奏折又來了，這一次更具體。調集了多少糧食，安置了多少災民，兗州府的亂局被控制住了，目前沒有再鬧騰的意思。
爭吵了一個月，陳燮在兗州就呆了一個月。連續十幾份奏折，沒有一份是自辯的。都是開口稱，臣有失察之罪，然后說具體的都在干啥。審問官員，查明案情，打擊奸商，罰沒糧食多少，罰金多少。一筆一筆的賬目非常清楚，這是在真真的做事的態度。
又一天的早朝，文官們還在兩邊對噴的時候，朱由檢忍不住了。拍著龍椅站起，抬手指著在臺下吵架的官員們，怒喝：“你們在這里互相攻訐，可知山東地方正在忙于安頓流民，挽救夏收，避免類似的事情再發生？你們可知道，山東從各地調來多少糧食？你們可知道，陳思華在兗州呆了一個月，忙著安撫地方，上的奏折里，一個字都沒為自己辯護？你們可知道，陳思華收繳贓款，對奸商開出罰金單子，所得白銀五十余萬，山東地方不留一兩，全部押送進京，交給朕來處置？陳思華在山東，為地方穩定殫精竭力，你們呢？可有一實策？”
這一通罵的，下面的文臣們目瞪口呆，完全沒有反應過來，朱由檢拂袖而走。吵了一個月的事情，終于落下了帷幕。內閣以前所未有的效率，票擬一則，交司禮監披紅下發。
具體內容為，兗州之事，巡撫、布政司、按察司，皆有失察之責。念彼等處事果斷，善后及時，不以重責。暫時留任，以觀后效，再有事發，兩罪并罰。都指揮使毛xx，兗州分巡道，罪有應得，死有余辜。人雖死，不能脫其罪，責成山東地方抄家，女眷充為官妓。
這么一個處置，山東官場要員們，除去自殺的都指揮使，其他人毛都沒掉一根。這樣的處置結果，山東地方自然彈冠相慶，總算是保住了自己的飯碗。
陳燮從兗州回來，看見這個處置結果之后，還是上奏一份，稱：一干以死逃罪者，念其尚有羞恥之心，抄家、罰金即可，女眷發還祖籍，可彰君父之德。
這一份奏折到了京師，再次掀起軒然大波，文武百官意外眾口一聲，支持陳燮的建議。朱由檢看在抄家罰金的面子上，思之再三，勉強同意了這個建議。于是百官紛紛上奏，稱頌君父之德，不亞堯舜。并懇請，今后非謀反大罪，皆效此例。
趕上五十萬的銀圓的匯票到手，聽說山東地方恢復了平靜，心情大好的朱由檢，意外的同意了這次建議。并表示，有司可設條例，以待日后有據可查。意思是，抄家是必須的，罰金換一條命也是必須的，該罰多少，你得有個標準。但是，是否按照這一次的例子來，還得由皇帝來決定，不可作為常例。意思就是，規則可以搞出來，是否按照這個規則來，標準在皇帝的手里掌握著。這一招出來，雖然說皇權還在發揮主要作用，但已經被砸出一個口子。
山東的事情，居然就沒人提了，孔家的問題，也沒人去提。最后還是陳燮聯合按察司、布政司上奏：圣人門第，不可沒落。可從罰金之中撥款一些，交由彼等安家，另選繼承人，官府出面幫助孔家恢復門第。
朱由檢很干脆，一事不煩二主，孔家的婦孺是陳燮救的，一些貪官的罰金還沒收上來的，全部交由陳燮代轉給孔家。另立家主一事，也由陳燮代為選定，擇日舉行儀式，上奏審批。
陳燮很認真的寫了個長奏折，先說漕運衛所廢弛，可借機整治，為日后整頓衛所積累經驗。接著說山東兩府官員一案，牽扯眾多，當由廠衛接手善后。再說孔家的事情，還是要禮部派一個老成持重的官員下來主持，地方處置名不正言不順，還是扛著君父的名義下來的官員比較有說服力。具體到錢糧，山東地方可以擔負。最后說到官員，吏部、兵部，應盡快選派官員下來接任。
這份奏折到了京師，陳燮再次受到了百官的好評。之前那些彈劾陳燮的家伙，突然換了一張嘴臉，往死里夸陳燮。朱由檢這一次很干脆的照準了陳燮的意思，不過加了一條，衛所整頓之事，由陳燮負責。具體到衛所官員的問題，由陳燮推薦至兵部。
兜了一個大圈子，最后給了陳燮這么一個好處，還是看在陳燮帶兵厲害的面子上。朱由檢小氣吧啦的一面，暴露無遺了。陳燮兜了一圈，要的不就是這個么？接著旱情的機會，山東官場上下，都給收拾了一頓。兩個府的官員，基本上都被裝了進去。關鍵是衛所的權利，陳燮拿到手了，這一下整條運河，都在陳燮的手上。
在衛所這個問題上，朱由檢和陳燮之間，其實是一個默契的結果。陳燮惦記要在運河上收費呢，這個事情朱由檢可是記的很清楚的，不然也不能把衛所的事情都給陳燮處理。皇帝再信任一個官員，也都是有度的。
山東的事情到了這個地步，就算是基本結束了。皇帝的同意之后，陳燮立刻著手整頓山東衛所。本來還有個南直隸的大河衛，陳燮是在是夠不著。衛所有大量的土地在軍官的手里，這一次陳燮接著這個機會，上上下下的軍官都擼了個干凈。土地自然到手，由專人打理。軍戶還是軍戶，不過不用再當兵了，安心種田，地租降到三成五。負責農業這一塊的負責人，帶著軍戶修水利，挖深井，費用都是從罰沒的錢財里出來。
一番梳理折騰下來，山東運河沿岸盡數落到陳燮手里。沿途的百戶、巡檢等等官員，全部都換上登州營的軍官，任城衛、平山衛的官兵，也都換成了山東的新兵。
內閣來了個閣老，不過不是孔貞運，而是賀逢圣。安置孔家的費用，陳燮倒是一點都不耽誤，撥款一萬銀圓，糧食兩千石。這么配合，賀逢圣也很滿意。(