激戰了數個月的南京城終于重歸和平，內外城各城門皆被打開，不再限制百姓出城進城。每道城門皆車水馬龍，車輛百姓川流不息。
大量的物質運入城中，城郊的百姓擔著干柴菜蔬入城販賣。秦淮河畔的三山門最為繁忙，大量的船只在秦淮河中停泊，排隊等著從水門進入內城。
秦淮河中的沉船已經被打牢出來，擱淺的三艘海船也被數百纖夫拉回了長江，從長江經秦淮河進入內城的道路現在暢通無阻。
而要說最忙碌的還是外城，先前征調的數萬鄉勇并未解散，而是在江南總督府的命令下，正在清理外城。
先前的戰斗中，反賊在外城修筑了太多的街壘營堡，整個外城所有街道都被街壘封鎖，不拆掉這些街壘，別說城外的物質運不進來，便是百姓們的出行也會受到影響。
修筑街壘拆掉了太多百姓的房屋，因此有數以萬計的百姓失去了房屋，一個多月的戰事，因為寒冷而凍死的百姓便有數千之多，大街上拉運尸體的車輛接連不斷。
撤掉街壘，幫助百姓重新修建房屋，這便是鄉勇還有農兵們正在做的事情。
朱由檢已經下旨，南京戰事已經結束，從此以后不允許一個南京百姓凍死餓死，無償幫助百姓修整房屋，施粥賑濟吃不上飯的貧民。此舉令整個南京城的百姓感恩戴德，皆呼皇帝仁慈。很多百姓主動加入清理重建家園的行列。
善待百姓，這是朱由檢魂游四百年最大收獲。得人心者得天下，只要能得到天下百姓愛戴，不用擔心一切阻礙！
當然，朱由檢的仁慈不是針對所有人，對那些投降反賊的士紳，對那些開城放反賊入城的勛貴文官武將，朱由檢的態度比嚴冬還要寒冷！
整個外城全部收復，禁衛軍徹底控制了內外城城防，逃跑的袁崇煥一行被李定國俘虜抓回，而被袁崇煥拋棄的文官勛貴更是無路可逃，除了少數人自知走到絕路為了免除屈辱選擇了自盡，其他勛貴文官如傅振尚、熊明遇、張拱日等皆被俘虜。
南京刑部大牢，應天府、上元、江寧二縣的牢房，全部被塞得滿滿的，關滿了這些昔日的士紳權貴。
皇帝行宮，朱由檢也多次舉行朝議，商議如何處置這些人。最終的決定是從嚴從速！
經過了錦衣衛連夜審訊，詢問出了大量口供，凡是和反賊有牽涉之人，只要沒逃出南京城，全部被抓。南京城內二十多家勛貴，牽涉進逆案的多達十八家之多，只有懷遠侯常延齡寥寥數家勛貴，堅決拒絕投降反賊，其他幾個勛貴戰死，懷遠侯常延齡當時奉命守衛外城觀音門，殺掉了勸降的反賊使者，帶領部下死守觀音門，等到了洪承疇從內城派兵支援。外城諸多城門中，唯有城北位于江邊的觀音門還在朝廷軍隊控制中，使得援軍得以從觀音門進入南京城，常延齡功勞不小。
南京六部官員，幾乎都牽涉到逆案之中，從南京六部到應天府，四品以上官員全部被抓，罪名皆是從逆，其中也許有冤枉者，但沒人會在乎。
至于南京城內的士紳，以錢謙益為首，更是大部分選擇從逆，很多士紳被袁崇煥納入幕府，或者充任各級官員，派往各府縣任職。對這些被派出的士紳，等到各府收復，誰也跑不了。而還留在南京城中的士紳，則全部被抓捕，由錦衣衛審其罪行。
“袁崇煥，身為江西巡撫，深受國恩，卻做出附逆之事，南京之所以出現此亂，皆由此人而起。臣以為當從重處置，判以腰斬之刑！”袁可立建議道。
抓捕的人太多，審訊處置工作太過繁雜，錦衣衛指揮同知劉文炳抓人言行逼供還行，讓他給罪犯定罪卻是為難了他，朱由檢便給袁可立加左都御史銜，讓他總責此事。
“腰斬是不是過輕了？”朱由檢微微皺眉。另一個時空，袁崇煥因放縱建奴入關被處以凌遲之刑，說實話，當時施刑過重，建奴繞道蒙古入關搶掠也不能說全是袁崇煥之錯，不過是因為其身在薊遼督師位置上，不得不承擔責任而已。
而現在，袁崇煥身為朝廷巡撫，和反賊勾結，擁立廢福王世子朱由崧為監國，試圖和自己爭奪江山，并率二十萬大軍順江而下攻打南京，以至于江南糜爛生靈涂炭，犯下了十惡不赦之大罪，如此重罪僅僅腰斬太過便宜了他！
“袁崇煥之罪，罪大惡極，當判以凌遲之刑，非如此不足以震懾人心，不足以為亂臣賊子戒！”朱由檢擲地有聲道。
“陛下所言甚是！”袁可立點點頭，并未多話。恩出于上，罰也出于上，他給袁崇煥定下腰斬，本就有轉圜的空間。若是朱由檢認為懲罰過于嚴重，可以降為斬首或者絞刑，若是認為過輕，可以從重升為凌遲。
南京之戰，袁崇煥是首罪，當先定下，至于其他人，也大都從重處置。隆平侯張拱日，投降反賊，打開鳳臺門接引反賊進入外城，以叛逆罪處以腰斬之刑，除爵抄家。魏國公世子徐文爵，率眾投降，判以斬首之刑，除爵抄家。便是一直呆在內城的魏國公徐弘基，也以暗中勾結反賊之罪，被判處絞刑，除爵抄家。在南京存在二百多年的魏國公府，大明開國第一功臣徐達一系，從此不復存在。
至于其他投降反賊的勛貴，也都判處斬首除爵抄家，其家人盡皆流放到海南或臺灣島。
接下來便是投降反賊的南京官員，自南京兵部尚書傅振尚一下，從逆的官員一律被判斬首，對此朱由檢毫無疑義。當看到錢謙益的名字時，朱由檢微微愣了一下。
錢謙益，前禮部侍郎，東林黨黨魁，天啟年間被罷官后一直呆在南京，此次主動歸附反賊，深為袁崇煥器重，多次為袁崇煥出謀劃策，隨同袁崇煥逃跑時被李定國部下抓住，經過審判之后，同樣被定下了抄家問斬之刑。
朱由檢想了想后，親自提筆改了判詞。
“判以沉江溺斃之刑......”袁可立看著被改的判詞，抬起頭來不解的看著朱由檢。
按照大明律，根本就沒有這樣的刑罰啊，沉江向來是宗族對那些不守婦道的女子的懲罰，難道是皇帝痛恨錢謙益，故意用這樣的懲罰羞辱錢謙益？
“現在已經是正月，已然不是寒冬料峭，希望牧齋公不要嫌江水涼。”朱由檢臉上露出似有似無的笑意。
“......”袁可立搞不清楚皇帝的心意，卻也知趣的沒有多問。
遵循從嚴從重的原則，對被抓一應罪犯的罪名定下以后，很快便處刑。
崇禎五年正月二十三日，南京外城菜市口，一隊隊全副武裝的禁衛軍士兵圍成一圈，護衛著身后高臺，在禁衛軍圈子外，卻是人山深海，無數南京百姓蜂擁而來，來觀看對一眾逆臣的刑罰。
高臺上，一眾逆臣被反捆著跪在臺前，每個人脖子后面都插著長長的木牌，上面寫著名字及所犯罪行，每個逆臣身后都站著一個身穿紅衣懷抱鬼頭刀的劊子手。
洪承疇滿臉嚴肅的端坐在桌案之后，不時抬頭看看天色。此次處斬的逆臣級別太高，身為江南總督的他親自作為監斬官。
“王八蛋！”
“一群殺天刀的，早就該宰了他們！”
臺下百姓紛紛叫喊著，爛菜葉土坷垃雨點般扔上臺上，砸在一眾逆犯身上。這些逆臣的罪名早已通過報紙公布于眾，百姓們對他們皆恨之入骨。
南京之戰，綿延一個多月，整個外城被打成一團糟，外城數十萬人口，死于戰火的至少有數萬人，可以說是家家戴孝。搶掠，殺人，奸淫，各種罪行在外城幾乎每天都在發生。
在百姓們看來，這一切都是臺上這些逆臣罪犯帶來，對他們自然恨之入骨，現在自然是發泄的時候。
無數的泥塊甚至磚石扔到臺上，跪在那里的逆臣皆被砸的頭破血流，更有泥塊仍向劊子手們，卻被護在他們身側的士兵用盾牌擋住。
對百姓們的怒火，洪承疇等禁衛軍高層自然心里清楚，這也是為何把刑場設在外城菜市口的原因，就是希望百姓們把怒火發泄在這些逆臣身上，好為皇帝贏得人心，方便接下來重建南京、進行變革。
“大人，午時三刻已到！”一個觀察著日冕的文吏站起身來，躬身稟告道。
“行刑！”洪承疇伸手抓起一支令牌，扔了出去。
“總督大人有令，行刑！”隨著傳令官一聲高喊，劊子手們高高揚起鬼頭刀，迅疾的揮砍下來。
一道道寒光閃過，鮮血如一道道噴泉一般驟然涌起，一顆顆人頭滾落臺下，臺下觀看的百姓們有的嚇得捂住眼睛驚叫起來，有的卻露出興奮的神色。
很多百姓突然向高臺涌來，去爭奪那些滾落臺下的人頭。護衛高臺的禁衛軍士兵欲阻擋時，突然哨子聲響起，便紛紛撤離了高臺。
一陣混亂之后，騷亂慢慢停息了下來，臺下只剩一堆骨頭。
此刻，高臺上絕大部分罪犯都被處斬，還活著的只剩下一個人，便是赤身裸體被綁在柱子上的袁崇煥，接下來三天內，袁崇煥要受凌遲之刑。所謂凌遲，又叫千刀萬剮，其過程在報紙上也有介紹，很多百姓都有所了解。
接下來三日，很多百姓自發來到菜市口觀刑，很多小孩子看過之后嚇得整夜嚎叫。
而對此時的朱由檢來說，處置這些逆臣只是一件小事，此時的南京城中，有太多重要的事情需要他處理。
戰事結束，百姓需要安頓，雖然有大量的物質從江東江北運入，但南京城的物質仍然緊缺，市面上糧食價格已經比往年翻了一倍還要多久，每擔大米價格高達三兩銀子！
很多百姓根本買不起糧食，只能等著朝廷賑濟。朱由檢已經下令賑濟百姓，在內城外城共開設了二十四個粥場，每個粥場每天都有成千上萬百姓等著施粥。但是賑濟粥只能保證這些百姓不會餓死，想吃飽肚子卻是根本不可能的事。
根據袁可立的建議，朱由檢決定施行以工代賑，召集南京青壯五六萬人，修繕城墻，疏通河流，在城外挖掘灌溉溝渠。每日給這些青壯十幾斤糧食，既能建設一些大的工程，又讓他們家人不餓肚子，還會減少社會治安問題，實在是一舉三得。
除了民生問題，再就是對俘虜們的處置，也讓朱由檢及手下文武們頭疼。
此戰，二十萬反賊被殲滅數萬，剩下的或者臨陣投降，或者被俘虜。十多萬俘虜被收繳了武器，安置在內城清涼山以北的軍營。如何處置這十多萬俘虜，著實讓人頭疼。
殺掉是不可能的，畢竟是十多萬人，朱由檢平日里又自詡圣君，自然不可能做出殺俘之事。而且在朱由檢看來，大部分俘虜只是毫無見識的農民，或逼不得已或被人蠱惑攜裹，才加入了賊軍，其錯根本不在他們。
故朱由檢決定，先把俘虜中的將領軍官和普通賊兵分隔開來。然后讓普通賊兵揭發將領軍官們的罪行。罪大惡極的將領軍官，無論其是否主動投降，盡皆處死！至于普通的賊兵，皆免其罪責。
經過一番甄別審訊之后，約有千余反賊軍官將領被揪出來處死，剩下的便只是普通賊兵。對剩下十多萬人的處置，同樣是一個問題。
直接放回是不可能的，十多萬人全部釋放，讓他們自己返回江西，且不說他們回去后會不會被江西反賊重新征召入伍，再就是回去的路上，必然引發很多社會問題。失去控制的亂兵，在回去的路上做出什么樣的事情都有可能。
經過慎重考慮后，朱由檢決定，暫不放回這些人，而是從這些人中征兵，在南京組建江南禁衛軍，初步決定，招募組建十萬禁衛！