南京收復后，鎮江的數千清軍已經成了甕中之鱉。∮，
為了減少傷亡，楚軍暫時對鎮江圍而不打，而是用各種方式開展攻心戰，每天派俘虜喊話，展示各種繳獲，用弓箭向城內射書，在城外的空地上立起免死旗，對綠營士兵進行策反。
得知南京已被明軍占領，譚泰的主力也跑了，鎮江城里的清軍士氣盡喪，綠營各部軍心動蕩，晚上不時有三五成群的綠營兵縋城而出，向楚軍投降。八旗兵主將為了防止綠營兵整體嘩變，只好打散他們的編制，和八旗兵混在一起守城，以便直接監視，但這樣一來部隊的戰斗力更是直線下降。
圍城的楚軍不緊不慢地打造攻城器械，又挖出里外兩條巨大的壕溝，配上胸墻堡寨等防御工事，把鎮江圍得水泄不通。鄭家水師調來幾艘擁有二十四磅主炮的巨艦，從長江上轟擊鎮江北側的城墻，清軍也用大炮還擊，雙方的炮戰來來回回持續不斷。
這個年代都是木頭戰船，挨上一顆炮彈就是重傷，鄭家水師的戰船不敢過于接近城墻，好在他們的大炮射程足夠遠，鎮江城墻的目標也足夠大，躲得遠遠的開炮大概也有三成左右的命中率，清軍的炮彈卻很難打中他們，在這場炮戰中首先立于不敗之地……但是凡事有利必有弊，由于鄭家水師的戰艦離得太遠，對城墻的破壞程度相對有限，二十四磅炮重達數千斤，鄭家水師最大的戰船上也只在船頭裝一門這樣的主炮。總體數量太少，不可能一下子轟塌鎮江城墻。
鄭成功也不著急。就用這幾門二十四磅炮慢慢打，由于鎮江早晚可下。打出去的炮彈大部分可以回收，鄭家水師就土豪了一把，每天從早到晚炮擊不停，清軍的炮彈卻多半落到長江中，連著對射幾天后漸漸頂不住消耗，為了節省彈藥輕易不再開炮……鄭家水師掌握了主動權，炮擊的準確度明顯提高，在似慢實快的持續炮擊下，鎮江北側臨江的城墻被打得破破爛爛。千瘡百孔，城門也中了兩顆炮彈，從破洞中可以看到里面的甕城。清軍沒有別的辦法，只能不停的進行修繕，在城墻破損嚴重的地方打補丁，咬著牙苦苦堅持。
這樣的戰斗枯燥而單調，城內的清軍一直承受著巨大的壓力，楚軍和鄭家水師卻從容自如，并不急于發起總攻。鎮江現在就像一個已經熟透的果子。隨時可能掉下來，犯不著讓戰船和士兵冒險。
在楚軍高級將領中，關于軍制改革的討論漸漸趨于結束，一部分人雖然有這樣那樣的意見。但在大勢所趨之下，也對汪克凡提出的方案表示堅決擁護。
這次軍制改革的難點，關鍵在于打破兵為將有的封建軍閥模式。肯定會觸動一部分人的利益，所以汪克凡非常謹慎。從湖廣會戰結束后就開始布局，前后用了一年時間進行準備。打贏寧鎮會戰后，他的威信達到一個前所未有的高峰，楚軍內部的凝聚力也正是最強的時候，正是動刀子做手術的最佳時機。
改變兵為將有的模式，可以防止楚軍內部軍閥化，加強汪克凡對這支軍隊的控制能力，最直接的象征就是實現中高級軍官的對調，由汪克凡完全控制中高級軍官的任免權，老八營可以由闖營將領擔任主將，闖營也可以有老八營的軍官，這支軍隊只屬于汪克凡和整個楚勛集團，沒有哪個將領可以長期把持一支部隊……當然了，這是一個循序漸進的過程，一下子來個乾坤大挪移會引發混亂，汪克凡這次基本上沒有動各部的主將，只打算調整一部分副職和中級將領，并對闖營再次進行改編，使他們完全融入楚軍。
在楚軍內部，闖營相對較為獨立，和老八營之間涇渭分明，一年前才剛剛加入楚軍，身上還有以前大順軍的影子，必須進行改編。汪克凡那個時候剛剛掌握湖廣一省，楚軍老八營也只有四五萬人馬，收編闖營其實有點蛇吞象的感覺，一下子消化不了，有兩三萬闖營將士一直由李過自己養著，另外拖家帶口的還有幾萬家屬需要安置，汪克凡拿下江南三省之后，這些問題就可以迎刃而解。
除此之外，參謀、后勤、軍法、情報等部門都要做出調整和加強，根據楚軍發展的需要，還要設立一些新的單位，增加大量的文職軍官，建立內部流暢的流程，把楚軍逐步改造成一部高效運轉的戰爭機器。這里面的工作更多，不可能一蹴而就，汪克凡只能先把大致的架子搭起來，然后再一點點充實內容。
收復南京后的第七天，楚軍內部發出一份重量級的總結報告，對東征以來出現的各種問題進行整理，并提出點名批評。這份報告出自參謀部和李云聰等人的手筆，最后卻是用汪克凡的名義發出來的，分量很重。
緊接著，汪克凡以鄧斌案為突破口，雷厲風行的開始整肅軍紀，范圍覆蓋東征明軍各部，金聲桓、鄭成功、傅鼎銓和陳邦傅、焦璉這樣的武將都沒有放過，對楚軍內部也毫不手軟，凡是違犯軍紀的都從嚴處置，全軍通報。
一打一大片！
鄧斌是萬元吉的心腹愛將，汪克凡拿他開刀，第一次動用了隆武帝授予他的尚方寶劍，將鄧斌斬首示眾。消息傳開，普通百姓無不擺手稱快，卻有很多士紳官員在看萬元吉的笑話，作為堂堂的閩贛總督，手下卻鬧出這么大的丑聞，臉都被汪克凡打腫了，還有可能因為受到牽連，變成第二個楊廷麟……萬元吉聽說此事之后，卻大大的松了一口氣，汪克凡既然斬了鄧斌，殺良冒功的案子就死無對證，對他這個閩贛總督的威脅自然消失。很明顯，這也是汪克凡準備妥協的象征。如果真的和隆武帝撕破臉對他也沒什么好處，不如見好就收。
鄭成功、金聲桓的軍隊也在整頓范圍之內。萬元吉并不感到意外。
在這次瓜分勝利果實的斗爭中，武勛集團聯合起來取得了勝利，但是他們內部也存在一個如何分贓的問題，因為分贓不均，一個陣營的同伴轉眼就變成了生死仇敵，這種事情屢見不鮮，實在太多了……汪克凡費盡力氣，從隆武帝這里拿到了他想到的東西，當然不愿再分給別人一大塊。整肅軍紀。只是在敲打鄭成功和金聲桓。
金聲桓因為這件事，也憋了一肚子的氣。
“娘的，老子拼死拼活的賣命，汪老四倒來找我的麻煩，打起仗來都是提著腦袋拼命，二郎們犯些過失也難怪嘛，要都這么較真，哪還有活路？”金聲桓啪的一聲，重重拍在桌子上。罵完汪克凡又拐回來罵王得仁：“王雜毛也是賊性不改，亂七八糟的哪像個帶兵大將的樣子。這下好了，被汪老四抓住小辮子了，人家要打要罰都沒法說理。只能自己扒掉褲子等著挨揍！”
“大帥何必動怒，這件事怪不得王帥的。”幕僚吳尊周輕搖折扇，微笑說道：“大帥麾下數萬大軍鏖兵血戰。前后幾個月，縱橫兩省千里之際。汪軍門只要有意挑理，違犯軍紀的事情自然是數不勝數。”
“著啊！先生這句話算是說到點子上了。汪克凡就是有意挑理，有意找茬！”金聲桓罵道：“他奶奶的，汪老四眼看要當北伐提督了，要不是我老金講義氣，夠朋友，拼著兩肋插刀一個勁的幫他，他能有今天這么風光？轉過頭來就對本國公下手，真是忘恩負義的白眼狼！”
“嗨，如今人心不古，誰還能像大帥這樣仁義？汪軍門初定江南，以后免不了要和大帥打交道，他整肅軍紀不過是借題發揮，逼著大帥向他低頭示弱罷了。”吳尊周手捻胡須，深邃的目光望著墻上的一幅上山虎掛軸，悠悠說道：“汪軍門手段高強，當今圣上也要甘拜下風，日后的前程不可限量，如鯤鵬展翅而直上九霄，大帥何不借其力，隨其勢，亦能一展平生之志，些許的小小忍讓，都不用太過計較。”
“這個，還是從長計議的好。”金聲桓用力揉著額頭，猶豫不決地說道：“大家不是一路人，硬往一起湊恐怕沒有好結果，說實話，我這些年還輕易沒有服過誰，但汪老四不愧是喝墨水長大的，玩起心思來不亞于那些文官，我怕在他手底下吃虧。”
大家做個互相幫助的盟友就很好，真要加入汪克凡的陣營，金聲桓不愿意。
“大帥誤會了。”吳尊周笑道：“我只是讓大帥借力汪軍門，不是依附與他，大帥不日就將調防江南，理應受其節制，若把大帥換做汪克凡，初領江南三省之時，又豈能不敲山震虎？”
“明白，你就是讓我磕頭服軟唄，行啊，汪克凡要立威，我就給他當一回孫子，不過陛下那份密旨又該如何回奏？”金聲桓前幾天剛剛收到隆武帝的一份旨意，沒有什么實質性的內容，只是對他大加褒賞，多有鼓勵和勸勉，又針對江南和整個戰局詢問金聲桓的意見，試探和拉攏的味道很濃。
吳尊周淡淡一笑：“該怎么回就怎么回。陛下對大帥圣眷日隆，大帥也應肝腦涂地以報……”
接下來的幾天里，按照汪克凡的命令，金聲桓、鄭成功等人都開始在自己的部隊里整頓軍紀，從嚴，從重，從快，明軍各部的軍容風紀為之一肅，一時間真稱得上秋毫無犯，深得百姓士紳的稱贊。
東征基本上已經結束，汪克凡的東征提督隨時會卸任，金聲桓和鄭成功這么做，等于仍然承認汪克凡是老大，以后仍會服從他的命令。
陳邦傅也表現的非常積極，他上次去南京拜祭孝陵的時候，心里十五個吊桶打水，七上八下的，以為汪克凡肯定不會放過他，沒想到最后卻是有驚無險，平安過關。后來汪克凡和文官們發生沖突，陳邦傅又站在文官一邊，再次把汪克凡得罪了，眼看文官稀里嘩啦敗下陣來，他在追悔莫及之余，更是心驚肉跳，生怕汪克凡一道鈞令下來，把他捉到南京任意處置。
這次整頓軍紀，汪克凡請尚方寶劍砍了鄧斌的腦袋，仍然沒有動陳邦傅，陳邦傅暗叫僥幸之余，趕緊落實整頓軍紀，希望能盡快渡過這場風波，平安過關。
焦璉接到整頓軍紀的命令后，卻沒有立刻執行，而是直接找到汪克凡，要求率部加入楚軍。
“末將身為武將，最佩服關老爺和岳爺爺，一直盼著把韃子殺到關外，可是陽朔駐地偏處廣西，得不著為國立功的機會，我和幾位兄弟商量了一下，都愿追隨汪軍門渡江北伐，還請軍門成全。”一場寧鎮會戰打下來，焦璉的陽朔兵經過血與火的洗禮，發生了脫胎換骨的變化，他們希望能夠成為楚軍那樣的強軍，能夠馳騁疆場，建功立業，不再碌碌無為，不辜負男兒志向。
“好啊，廣西自古出精兵，陽朔兵在寧鎮會戰里打得不錯，大家提起來都豎大拇指，你們原因加入楚軍，我當然雙手歡迎。”汪克凡笑著說道：“不過楚軍正在改編，部隊的編制都要打散，如果把你的陽朔兵也打散，由別的軍將來帶，你們原因嗎？”
焦璉一愣，遲疑著問道：“一定要打散么？”
汪克凡點點頭：“大勢所趨，肯定要打散。這件事不要著急，你可以和部下好好商量一下，再到楚軍里看一看，將來會改成個什么樣子，你們再做決定。”
楚軍除了改編之外，也要大力進行擴編，焦璉本人是一員難得的良將，手下的部隊也是可戰之兵，汪克凡當然愿意收編他們，但是這次軍制改革非常敏感，如果對焦璉所部特殊照顧，闖營和老八營的工作就不好做，干脆一步到位，讓陽朔兵也參加改編。(