日軍一準備撤退，林遠部隊的進攻阻力就小了不少，他們隨即向肖英武進行了報告，肖英武聽說日軍撤退，立刻找來眾參謀，說道：“不少日軍放棄了陣地，我看日軍是要進行戰略撤退。”

一個參謀說道：“可是日本的國土本來就狹小，缺乏戰略縱深，瀨戶內海又被我們控制，他們會向什么地方撤退呢？”

肖英武用手往地圖上的大分縣一指，說道：“這里應該就是日軍想要去的地方。”

眾參謀紛紛點頭，說道：“大分縣四面環山，適合防御，不過這里的山并不高，不足以成為抵抗我軍的堡壘。”

肖英武說道：“就算是這樣我們也不能讓他們順利進入大分縣，命令南部四個師，向東側運動，阻截日軍的撤退部隊，同時命令左翼第２、３、３３師加快迂回包抄速度，攔住日軍部隊。”

命令一下，各部隊立刻按照命令向日軍攻去，最先發起進攻的是福岡右線的第５師和第８師，在所有參戰部隊中，這兩支部隊始終打的都是防御戰，以兇猛的火力殺傷敵軍，所以戰斗力保存得比較完整，于是反攻就由他們首先發起。

而福岡東線的四支日軍師團卻一直在打進攻戰，損耗比較大，而且也沒有部署防御陣地，在撤退的時候沒能組織起有力的防御，后衛部隊根本沒能擋住林遠部隊，林遠部隊直接咬住了大部隊，乃木希典只好命令大部隊回頭防御，可就在這段時間里，林遠部隊的第２師等部隊迅速擊潰了日軍的左翼，向日軍的后方包抄過來。

原來日軍左翼部隊的指揮官沒有部署好撤退計劃，導致后衛部隊兵力不足，部署又分散，很快就被林遠部隊分割包圍，徹底吃掉，乃木希典聽到這個消息，一邊痛罵第１０１師團的指揮官一邊命令部隊加緊撤退。

可是日軍的速度終究比不上林遠部隊，原因很簡單：林遠部隊使用汽車進行機動，而日軍卻是用兩條腿機動，相差懸殊，雖然日軍也裝備了卡車，可是日軍已經沒有油料了，而且日軍的卡車技術源于中國，中國在出售技術的時候，換用了發動機的相關部件，導致出口卡車的每公里油耗比林遠部隊自用型號高００３升，雖然數字很小，可是卡車的裝備數量龐大，行駛里程數更大，所以日軍的油料負擔要比林遠部隊重得多。

日軍被四面包圍在十幾個城市和村鎮之中，上午十一點，林遠指示參戰部隊：“采用‘亂刃分尸’戰術，迅速瓦解日軍。”“亂刃分尸”戰術是林遠部隊在成功包抄敵軍之后進行殲滅的經典戰術，這個戰術充分發揚林遠部隊武器裝備精良，單兵作戰素質強的優點，把部隊分成小型作戰組，在敵軍陣型中大膽迂回穿插，擾亂、殲滅敵軍，曾經的俄軍和清軍都曾經當過這個戰術的“刀下鬼”。

就在林遠部隊各部使用“亂刃分尸”戰術之時，第２４師、第４８師、第４９師揮師北上，加入戰場，日軍節節敗退，下午四點，日軍在村鎮外圍搭建起來的臨時防線全部崩潰，日軍被迫轉入城區與林遠部隊巷戰，此時乃木希典的指揮部里一片混亂，最忙碌的人就是通訊員了，由于日軍各部離開原來位置，導致新電話線一時間沒有接通，而日軍又不敢長時間使用電臺，于是有很多部隊乃木希典都找不到了。

指揮部成員又一次感到了失敗的來臨，水木長田對乃木希典說道：“將軍，我看我們還是盡快撤回本州島吧，雖然海面上有林遠部隊，如果我們喬裝改扮，打扮成普通百姓，林遠部隊是絕對找不到我們的。”

乃木希典黯然說道：“這一場大敗，我們大日本帝國損失了八個師團，將近五十萬人！這么大的損失，我還有什么面目去見天皇？”

水木長田說道：“將軍，現在林遠部隊的前鋒距離我們這里只有不到一公里的路程了，如果我們不盡快撤退，林遠部隊一定會發現我們的。”

乃木希典剛要說話，突然聽見外面傳來一陣急促的槍聲，一個渾身是土，滿臉黑灰的軍官急急忙忙沖進指揮部，高聲叫道：“將軍，不好了，林遠部隊過來了，已經在和我們警衛大隊交火了。”

指揮部里的人聽見這話都面露驚慌，乃木希典厲聲吼道：“慌什么？林遠部隊的槍不是還沒有頂在我們腦袋上嗎？”乃木希典的威嚴讓眾人慌亂的心情平靜了一下，乃木希典這才說道：“我命令:向東邊撤退，靠近第一師團。”

指揮部的眾人聽見命令急忙收拾東西，外面的林遠部隊此時根本不知道乃木希典的指揮部就在眼前這幾所小房子里面，他們見到這里有大批日軍守衛，知道這里可能是某個指揮所，他們想要打進去，可是見到外面的日軍部隊戰斗力極強，一時也吃不動，于是決定：不和這股日軍糾纏，繼續向日軍縱深處穿插，可是迫擊炮和炮彈背著太沉了，不如把炮彈扔到那些小房子里面去！

于是指揮官便命令部隊擺好迫擊炮，對準小房子轟擊，一連串炮彈便飛了過去，有一枚炮彈正好落在乃木希典所在的屋子上面，爆炸震塌了屋子的橫梁，橫梁摔落下來正好砸中乃木希典的頭，乃木希典當場昏死過去，水木長田于是帶著人把乃木希典帶走，一路向海邊而去，想要找船出海，回到本州島。

晚上十點，戰斗基本結束，參戰日軍的八個師團全軍覆沒，九州島戰役宣告結束，這場戰役，日軍投入了八個師團，共計五十余萬兵力，林遠部隊先后投入了十三個師，兩個旅，共計四十三萬人的兵力，雙方參戰兵力接近一百萬，這在人類歷史上也是少有的。

由于雙方使用了大量高射速武器和現代化運輸機械，這場參戰規模高達一百萬人的戰役竟然只用了兩天的時間就塵埃落定，這更讓人們體會到了現代戰爭的殘酷。