與皇帝已經到了你死我活的地步，沈默必須做最壞的打算。但在掀動天翻地覆的國變之前，他必須要將四鄰的隱患掐滅，如果讓外敵趁虛而入，他將是千古罪人。
經過這些年的經略，蒙古和西南已經不成禍患。沈默擔心的是女真和曰本，對于女真，自有一套攻略，暫且按下不表，這里單說曰本。
托光榮公司的福，就像對大航海時代很了解一樣，沈默對這一時期的戰國歷史也有大概的了解。他不僅知道那幾個耳熟能詳的名字，還知道一些重要的歷史事件，比如在由豐臣秀吉在結束了長達一百多年的戰國時代后，曰本軍力空前強大。為了給龐大的戰爭機器找到下一個目標，豐臣秀吉發動了侵略朝鮮的戰爭，妄圖以朝鮮為踏板，最終奪取大明的疆土。
無論如何反感這個民族，但曰本人做事的認真投入，的確值得學習。在數年精心準備之后，豐臣秀吉發動舉國之力，建造了千余艘戰艦，囤積了足夠使用數年的糧草，糾集了三十萬的百戰精銳。目的是傾舉國之軍力速戰速決，以強大兵力在短時間內控制朝鮮。
腐朽不堪的李氏王朝，在張牙舞爪的曰本侵略者面前毫無抵抗力。很快國都漢城陷落，隨后開城、平壤相繼失陷。僅兩個月零兩天，朝鮮三都十八道全部陷落，兩個王子被俘，朝鮮國王李昖逃到鴨綠江邊……最后是李如松提領八萬大軍入朝作戰，用了數年時間，把曰本鬼子都趕下了海。
如果沒有明朝軍隊及時入朝作戰，驅逐曰寇。曰本一定可以在朝鮮站穩腳跟，并長期的經營下去，這已經在三百年后被證明了。
當時的大明朝，雖然已經流露出末世的前兆，但內政邊事相對比較平穩，太倉還有糧食，庫銀還沒有耗盡，軍餉、火器的供應還算及時。生活在帝國中的人們看來，大明還遠沒有到憂心忡忡的時刻，所以才會咬牙派出大軍，幫助朝鮮驅逐侵略者。然而歷史已經發生了改變，沈默取代了張居正，主導了萬歷以來的改革。與張居正以維護朱明江山的穩固為宗旨不同，沈默的目地是孕育新的秩序，所以不可避免的會帶來混亂，甚至是大混亂。
走上這條路，就已經停不下來了。哪怕沈默想停下，他身邊的人也不會答應，曰益壯大的工商階層也不會同意，前面就是刀山火海，也只能硬著頭皮走下去了。對于繼續下去的后果，沈默已經有了覺悟，他必須要將對國家和百姓的損害降到最低限度。如果被曰本趁著大明內亂，占領了朝鮮這個橋頭堡，他會成為千古罪人的。
其實沈默并不畏懼曰本入侵朝鮮，反而將其看成是給帝國利刃淬火的難得機遇，只是這一仗，不能這么早打，必須要等到國家破而后立，騰出手來之后再說。那么如何延緩這次入侵，就成了沈默必須攻克的課題。
最好的辦法，莫過于延緩曰本統一的腳步。對于曰本的刺探和研究，讓沈默很清楚，雖然完成統一的是豐臣秀吉，但真正的奠基人卻是那個織田信長。正是這個被后世狂熱追捧的曰本人，擊敗了幾乎所有的強敵，為統一曰本掃平了障礙，要不是因為本能寺之變，信長意外被弒，是輪不到秀吉這個家臣來問鼎的。
但沈默不能消極等待本能寺之變，因為那時候，信長的軍團已經無人可敵，而且無論從領土、人口、財力，還是管理理念看，信長‘天下布武’的大業，都已經是不可逆轉的了。所以必須要提前動手，阻止織田信長的崛起。
然而在很長一段時間里，曰本都是王直的禁臠，沈默沒法把手伸得太長，只能一面刺探情報，一面等待時機。直到王直去世，他才授意毛海峰，趁王澄與王清溪、葉碧川火并，奪了曰本的老巢。等毛海峰在曰本站穩腳跟，已經是隆慶四年以后的事情了，三年之前，織田信長便已經上洛成功，推翻了執中央政治牛耳的三好松永政權，在京都擁立足利義昭為征夷大將軍，挾天子以令諸侯的野心表露無疑。
作為征夷大將軍的義昭也不安于天命，企圖重振室町幕府。他背地里從織田家周邊地區的強大家族勢力中找尋援助，組成了‘信長包圍網’，企圖剿滅‘信長這個公敵’。面對著八面來敵，信長軍團陷入了長久的苦戰，數度被逼入絕境。只是因為聯軍互不統屬，且各有算盤，總想著保存自己，讓別人去犧牲，才讓信長得以生存下來。
信長在強敵環伺之下，能屢次化險為夷，繼而越戰越強，讓人不得不相信他有天命在身。隆慶六年，戰國時代最有資格爭奪天下的人選，人稱甲斐之虎的武田信玄，終于結束了與‘越后之龍’上杉謙信的五次川中島之戰，加入了討伐信長軍團的大軍。強大的武田軍甫一加入，便接連取得大捷，已成疲兵之態的信長軍根本無力招架，幾乎逼入絕境。
武田信玄不僅戰場上強于織田信長，而且可以使一盤散沙的聯軍聚成合力，對信長一方的勢力展開絞殺。到了萬歷元年，信長已經陷入絕境，然而武田信玄卻因病去世，武田軍返回甲斐。結果武田信玄病死僅不到一年，加入信長包圍網的大名、大部分皆為信長所擊敗……在第一次‘信長包圍圈’中，毛海峰和他的五峰商團，雖然為反信長勢力大量輸送軍火，甚至提供雇傭軍。但因為反信長聯盟的失敗，根本不是實力問題，而是各部私心太重，不肯與信長拼命，所以收效甚微。
好在他的謀士們及時總結經驗教訓，不再像以往一樣，對各家雨露均沾，而是集中力量支援一家。他們支持的對象，是一群和尚。準確的說，是石山本愿寺的和尚。
只要稍微了解曰本歷史的人，便知道這個決定并不可笑，因為曰本的和尚比中國的和尚可牛多了。他們雖然冠以出家人的身份，但實際和普通人一樣可以娶妻生子喝酒吃肉，還有不納稅，不服役等特權。
當時的各大寺廟都十分強悍，其中一向宗的勢力最強。作為一向宗的總本山——石山本愿寺，在戰國時期聚集了為數眾多、向心力極強的武裝門徒，面積和人口不斷擴大，并在最后成為了擁有八個街區，幅員數十平方公里的大城郭，還在周圍修筑了護城壕、碉堡以及與之相對應的城防工事。與其說是寺院，不如說是為戰爭而準備的堅城，又位于通往京都的要道上，戰略地位十分重要，成為連戰國大名都不得不害怕，卻又想盡辦法攏絡的龐大宗教勢力。
在第一次‘信長包圍圈’中，石山本愿寺扮演了很重要的角色，他們不僅居中協調，組織各家出兵，還向各地的門徒發出了‘蜂起’的法旨。全國各地的狂熱門徒眾在各自的所在地發起戰斗，破壞橋梁，燒毀物資，襲擊守軍。使信長一方陷入了無邊無際的人民戰爭中，而反信長聯軍則因此游刃有余，連戰連勝，將信長逼上了絕路。
一向宗的門主顯如，是一個聰明的戰略家，他準確地抓住了信長的命門。按照他的想法，只要聯軍能夠拖住信長的主力，那不斷蜂起的教徒起義，必然能夠使信長那不多的剩余力量轉戰各地，疲于奔命，最終消耗殆盡。也許不用經過什么大的戰斗，就可以將信長包圍網越拉越緊，從而將信長活活給勒死在這張網里面。
可惜，這個反信長聯合體是一個各自為戰，沒有統一指揮的無頭巨人，所以顯如盡管機關算盡，依然對信長無可奈何。尤其是武田信玄突然逝世，武田軍退回甲斐之后，信長通過天皇與各家達成和解后，把矛頭指向了一向宗，本愿寺不得不依靠自己的力量來和信長作正面沖突。戰略的大逆轉就此形成。
隆慶五年五月，重整軍備的信長發起了反撲，發誓要屠盡敵人。事到如此，顯如也只好硬著頭皮單干了。
可是已經從包圍網中解脫的信長早就是游刃有余了。騰出手來的他終于可以和一向宗算總賬了。為了攻陷這座堅城，織田方在本愿寺的周圍一連修筑了十多座支城，并在沿岸地區加修了碉堡，封鎖水路。頃刻間，顯如苦心經營的‘信長包圍網’變為了‘信長的包圍網’，把顯如自己給兜了進去。而本愿寺的滅亡似乎也近在眼前，不可避免了。
但這時候，在遙遠的西方，又一個反信長勢力粉墨登場，從后臺來到了前臺。由由毛利輝元統領的毛利勢，在將軍的推動下，撕毀了和信長的盟約，加入了反對信長的行列中。當然，輝元也不是那種被人家一說就動的主兒。他和信長撕破臉的主要原因，還是因為他認識到了如果本愿寺被亡之后，那信長下一個要對付的就是自己的這個事實，所以他要全力支持本愿寺這個反對信長勢力的重鎮，以期拖住信長，為自己贏得時間。
當是時，信長家的水軍將領九鬼嘉隆，已經截斷了本愿寺軍的海路并且封鎖了海岸，為打通本愿寺的補給線，一直為輝元所引以為傲的毛利水軍開始行動，為處于封鎖內的石山輸送補給物資，雙方爆發了激烈的海戰，最終毛利海軍大敗由九鬼所統領的織田水軍，將重要的兵糧悉數送進了大坂，極大地提高了本愿寺方的士氣和勇氣。
這時候，顯如通過聯姻，又為自己在東面獲得了一個強援，與武田信玄不分伯仲的上杉謙信。于是，本已岌岌可危的本愿寺再次起死回生，由被動轉為主動。受此激勵，反信長勢力的活動再次達到了，原先投降信長的勢力紛紛反叛，投入了本愿寺、毛利的懷抱。
對信長來說，本愿寺真像一個多頭怪物，每次砍掉他一個腦袋，他很快又在別處伸出一個來繼續和你做對，簡直成了打不死的九頭蛇。但織田信長豈能善罷甘休，為了對付毛利方的精銳水師，織田軍開發出了戰國最初的鐵甲戰艦——大安宅船。這種以鐵甲覆蓋，不怕火箭和火槍攻擊的巨艦的登場，宣告了毛利氏制水權的易手。在時隔兩年后的第二次海上交手中，以六艘鐵甲艦為核心的織田水軍，重創了號稱無敵的毛利水師，本愿寺與外界的水路聯系，眼看又一次要切斷了。
然而雙方快要分出勝負的時候，一支神秘的艦隊殺進了戰團，這支艦隊快速敏捷、火力兇猛，讓曰本人見識到什么是真正的炮擊。幾次穿插，幾次齊射，就讓不可一世的鐵甲艦燃起了熊熊大火。有這支艦隊纏住了六艘鐵甲艦，戰局登時逆轉，行將崩潰的毛利水軍重新振作起來，對織田軍的其余戰艦展開了猛攻。
最終在不速之客的幫助下，毛利水師殲滅了織田水師的大部，又一次取得了勝利。
得知自己耗盡家底組建的無敵水軍覆滅，織田信長失神良久，長嘆一聲道：“天下不再是我能奪取的了……”事后他調查得知，那支突然殺出，改變戰局的水師，竟然是顯如和毛利輝元，花重金雇傭的五峰艦隊。雖然恨極了這些中國海盜，但是為了扭轉不利態勢，他還是主動向毛海峰派出了使者，表示無論顯如和毛利輝元許給他什么報酬，自己都愿意雙倍支付，只要中國人能不再插手曰本的內戰。