萬歷命孫海附耳過來，悄聲吩咐了幾句，孫海便躬身出去，只留下李全跪在地上。李全忐忑不安的偷眼去睨皇帝，只見萬歷負手站在御案前，眼睛盯著檀香爐中的裊裊白煙，仿佛在回想某些人和事。
不一會兒，外面響起沉重的腳步聲，孫海帶著四名孔武有力的提刑司太監進來。這時候，萬歷才開啟緊抿的嘴唇道：“李全，你可知罪！”
“奴婢，奴婢……”李全惶恐道：“奴婢何罪之有？”
“何罪之有？”萬歷斷喝一聲，指著那些奏章道：“朕已經有言在先，一切奏章須經司禮監查驗，對于敢言奪情之事的彈章，一律直接送錦衣衛，不得上呈，這是怎么回事？”他的眼中寒芒閃爍道：“你這個吃里扒外的東西，怎敢頂風作案，以上賀表為名，把這些玩意兒送到朕的面前！”
聽到萬歷問到這個，李全才知事態嚴重，顫聲答道：“這不干奴婢的事啊。奴婢只是轉呈而已，方才在東暖閣的宮人都看見了，是秉筆太監侯義帶著那些奏章到門口。奴婢滿以為，他們已經查驗過了，這才接過來，就直接呈送了。”
“還敢狡辯！”萬歷一拍桌案，厲喝道：“且不說什么猴太監、雞太監，單說你是不是司禮監掌印，司禮監出了問題，你要不要負責？！”
“要……”李全垂頭喪氣道。
“要就好！”萬歷望向站在頭前提刑太監道：“周必正，事情你都知道了，這李全該當何罪？”
提刑太監周必正這會兒犯了難，這種事情可大可小，說輕了皇帝肯定生氣，說重了萬一將來李全報復自己，也吃不了兜著走。心里一急，倒憋出了一個主意，恭聲答道：“應該廷杖！”神奇的廷杖啊，可重可輕，存乎一心。
這是個可輕可重的處置，倒正中了萬歷的下懷，馬上點頭道：“就按你說的辦，廷杖！你替朕重重地打！”說著將手向外一擺，道：“就在這門外打，叫那些不懂事兒的奴才都長長記姓！”感情皇帝在午門外打出心得來了，要如法炮制，整頓內廷。
“奴婢一定長記姓……”這種懲罰，讓李全連求饒的話都沒法說，只能任由幾個提刑太監帶了下去。
不一會兒，宮里各處監局的頭面太監，都被召集來了，在東暖閣外的廣場上站好。那邊提刑司太監也把李全扒成光豬，準備好行刑了。
安排好一切，周必正才想起，皇帝光說廷杖了，可沒說多少下。回頭一看，只見萬歷負手站在門口，正一臉陰沉的望著場中。周必正趕緊小跑過去，跪下問道：“敢問皇上，廷杖多少下？”萬歷冷冷道：“只管打就是了，別再多嘴！”
“打……”周必正站起來轉身下令。于是剛打過文臣的大杖，又落在了太監頭子身上。唯一不同的是，因為擔心吵到西暖閣的太后，皇帝沒有讓人取下李全的嚼頭。
一干太監瑟瑟發抖的看著掌印太監被打的血肉橫飛，有些膽小的，干脆閉上眼不敢看。萬歷卻嘴角掛著復仇的快意，瞪大眼睛，一下都不肯漏過。
期間，李太后還是聽到動靜，過來看了一趟，見把李全打得不誠仁形，有點沉不住氣道：“阿彌陀佛！打得不行了，皇上罷手了吧……”萬歷卻笑笑道：“母后，您別管，這里有朕呢！回去歇著吧……”
李太后看看兒子一臉鎮定的表情，鼻子一酸，眼里濺出淚花道：“皇上有主意了，母后不管了……”便在女官簇擁下回西暖閣念經去了。
送走了太后，萬歷回來發現板子停了，人也一動不動了。登時怒道：“誰讓你們停下的！”
周必正趕緊過來稟報說：“皇上，李全已昏死過去了……”
萬歷看看周必正，那雙像極了乃祖的狹長雙目微瞇道：“昏死，那就是還沒死……”
“是……”周必正畏懼的望著年輕的皇帝，心里第一次把他當成真正的皇帝。
“你也要徇私么？”萬歷冷冷的看著他道。
“奴婢不敢……”周必正趕緊跪地搖頭道。
“朕來問你，隆慶六年，廷杖他的前任時，”萬歷幽幽道：“打了多少杖？”
“回皇上，是四十杖。”周必正恍然明白了，李公公這頓無妄之災，其實來得一點也不怨。
“當年四十杖，就能把朕的大伴活活打死……”萬歷眼中閃著淚花，臉上卻殺氣騰騰道：“現在的四十杖，卻只把他打個半死，周必正啊周必正，我看你是想和他做伴。”
“奴婢不敢！”周必正猛地磕頭，大聲道：“回稟萬歲爺，方才一共打了三十九杖，離四十杖還有一下！”
“好，打不死他，死的就是你。”萬歷冷冷道。
周必正打個寒噤，大聲應下，立刻回到外頭，看李全時，已悠悠地醒了過來……不錯，提刑司的人手下留情了，別看打得不誠仁形，但其實只是皮肉傷，如果這就回去，抹上宮廷秘制的金瘡藥，不出一個月，就能起來跑步了。
然而周必正已經沒法再留情了，他看了一下左右的打手，走上前對李全拱拱手，大聲說道：“李公公，非是小人手下不留情，萬歲爺今兒個是要您的命，君要臣死，臣不得不死，您一路走好吧。”看著李全眼里的絕望驚恐，周必正暗暗一嘆道：“念你我多年交情，兄弟叫他們下得利索一點兒，包您少吃苦頭……”說著便一揮手，早就準備好了的行刑太監，舉起廷杖照李全腦后狠劈一棒。李全的腿蹬了幾蹬，便七竅流血，嗚呼哀哉了……萬歷這才覺得心中郁氣稍平，起身欲歸，揮揮手道：“都散了吧。”
“奴婢告退……”太監們齊刷刷磕頭退下，比來的時候規矩多了。
提刑司用氈子把李全卷了運去化人場，然后西暖閣的小太監端來水和毛巾，清洗著地磚上的血跡和碎肉。
‘大伴，朕今天終于為你報仇了……’萬歷依然站在門口，他抬頭望著天空，淚水流過雙頰，暗暗道：‘原來報仇是這么簡單，可笑朕還忍了他多少年……要是你還在，朕肯定不會懵懵懂懂這么多年……’
當天下午，鄒元標等十三人又被逮捕，沒有午門示眾的待遇，連夜就在鎮撫司執行廷杖。與此同時，萬歷對群臣下了一道嚴厲的敕諭：‘朕身為君主，有權決定大臣的進退予奪；張居正身任天下之事，豈容一曰去朕左右？群殲小人借綱常之說，行排擠之計，就是要孤立朕。今后若有邪惡之徒再欺君罔上，定罪不饒！’消息一出在這個不太平的曰子里，連老天爺都跟著湊熱鬧……這天夜里，位于皇城之東，鴻臚寺以南的欽天監中，欽天監正羅明堅，正在和他的助手利瑪竇，以及他的學生邢云路、徐光啟、正在用一臺剛架設不久的大號望遠鏡觀測璀璨的夜空。
今夜無云，正是觀測的好時節，那個叫徐光啟的年輕人，在老師的指導下，把鏡頭指向了月亮。只見他平時熟悉的那個千嬌百媚、美輪美奐的硬盤，在望遠鏡中，卻成了一張千瘡百孔、丑陋不堪的‘大麻臉’，不由吃驚道：“天哪，這就是嫦娥住的地方？！”
他的老師羅明堅，是個有著大鼻子，藍眼睛的歐洲人，身上卻穿著正五品的大明官服。這毫無疑問的說明，他正是欽天監的主人，大明朝的欽天監正。讓一個‘西夷’、‘生蕃’擔任承擔觀察天象、頒布立法的重要部門的負責人，這放在十幾年前，是誰也想不到的。然而事實上，西洋人把持兩京欽天監，已經有十多年的歷史了。
這一切，還得從當年的沙勿略神父說起，在沈默的庇護下，沙神父在嘉靖末年抵達了燕京，并在隆慶初年見到了皇帝，進獻了各種西洋玩物。其中的西洋樂器和鐘表，深得皇家喜愛。因為樂器和鐘表都需要定期調試，皇帝便給了他大明子民的身份，允許其在燕京常住。
沙勿略精通漢語，對《四書》、《五經》等儒學經典的造詣，甚至超過了許多明朝官員，他也因此成為京城各種聚會的座上客，因此結識了很多高官名士，甚至于其中不少人相交莫逆。
博學多才、品質高貴、溫和優雅的沙神父，用自己不懈的努力，改變著大明朝皇帝、官員、甚至百姓，對西洋人的看法，證明歐洲人不是野蠻人，而是有著同樣高度發達文明的，只不過毛多了點而已……經過三年多的不懈努力，沙勿略終于實現了他的畢生夙愿，隆慶皇帝允許他在京城修建一座教堂，并傳播自己的宗教。在朋友的幫助下，沙勿略在玄武門內買到一處地產，并重建為教堂。到了萬歷三年，教堂竣工，看著富麗堂皇的巴洛克風格建筑，沙勿略此生無憾，含笑長逝……遵照他的遺愿，沙神父的靈柩被安葬在教堂后的空地上，在管風琴的優雅樂聲中，永遠的陪伴著自己的孩子。
沙勿略雖然去世了，但他畢生的心血，已經結出累累碩果。在燕京十年間，經他洗禮入會的教徒，達到八千多人，其中不乏高官、名士……這還是沙勿略接受了沈默的勸告或者說警告，控制了入會人數。否則以他和他的，治病救人，布施貧苦，以及那套成熟的神論，在燕京城拉起個幾萬人的幫派，是絕對沒有問題的。
沙勿略很清楚自己的使命，只是要讓天主教在大明朝站穩腳跟，至于發揚光大的事情，那是該后輩來完成的。所以他很認同沈默給出的：‘控制數量，以質取勝；建立口碑，長遠取勝’的方針。
而且他也意識到，僅靠學習漢話，熟讀儒家經典，并不能真正贏得明朝人的尊重……士大夫們只會把他們當成是唐朝的各國遣唐使，慕名來學習中華文化的后進而已。要想贏得他們的尊重，還得拿出強過他們的東西，因為在接觸中他發現，明朝的士大夫，對于未曾認識的東西，十分好奇，很尊重掌握這種知識的人，并且能夠虛心學習。
這個年代的歐洲，有什么比大明強的呢，那就是科學……所以沙勿略把自己的居處，變成了傳播科學文化的科技館，并讓耶穌會派來的傳教士，向他們講解天文、地理、數學、醫學、音樂、美術等多方面知識。許多大明的官員和讀書人都在他們這里，開啟了對科學的興趣，并興致高昂的學習。大明的最高學府國子監，還聘請了這些傳教士，教授在監生們實用的科學知識……這一切都使得天主教在大明擁有了良好的聲譽，并且蒙上了幾分神秘色彩。
沙勿略去世后，他的這一政策，得到了繼任者羅明堅的堅定貫徹。而羅明堅本人，更是指出現行歷法中的錯誤，撰寫了修訂歷法方面的奏章，通過朋友遞交給朝廷。
在沈默的高度重視下，經過比較實踐，發現羅明堅制定的歷法，確實要比本朝更先進。然而保守勢力極力反對用‘西法’制歷，認為只有宋代理學的‘皇極經世’才適用于中國歷法，所以堅持唐朝的皇極歷法。
然而之后兩次曰蝕，用傳統方法預報錯誤，而羅明堅用西法預測則十分準確，這才迫使朝廷接受西法，編出‘萬歷歷書’，并由首輔沈默定名為‘農歷’。雖然由于守舊派的極力反對，‘農歷’暫時并未實行，卻為羅明堅謀得了這份欽天監正的差事。