雖然擊敗了江西反賊，控制了整個南京，但接下來還有很多仗要打。要出兵攻下江西，抓住膽敢自立為監國的朱由崧，還要兵發湖廣，消滅膽敢造反的湖廣叛逆。浙江福建，廣東都有士紳聚眾造反，也都得派遣大軍一一平定。
總而言之，至少需要數年時間，才能徹底平定整個長江以南。
出兵打仗自然需要軍隊，對地方軍隊朱由檢根本不信任，而且擊敗反賊占領各地以后，還要進行均田建立鄉鎮，更需要強大的軍隊為后援。
所以，招募新兵，建立一支強大的江南禁衛軍勢在必行。現有的十余萬禁衛軍，主要布置在九邊，要對付建奴余孽，還要監控漠南的蒙古人，不能輕易調動。
至于現在南京城內這兩萬禁衛軍，有將近一半是李彥直的福建水師，主要任務是控制大明海疆，為海貿保駕護航，此次調來已經是迫不得已，而正因為他們的調離，才使得福建士紳膽子變大，竟然敢在福建聚眾造反。
此次大戰，福建禁衛軍損失很大，出征時一萬余人，現在剩下只有七千余，損失將近三成。現在南京之戰結束，無論是為了撲滅福建士紳造反，還是重新控制海疆，都必須把他們迅速調回福建。
海貿利益巨大，朱由檢根本無法放棄，若是福建水師長久不歸，海上敵對勢力必然蠢蠢欲動，說不定會攻擊海貿商行的船隊，好容易控制的海貿說不定會出現亂子，朱由檢可不想看到這種情形出現。
剩下的萬余jing兵，有三千是張世澤所部延綏兵，剩下的都是護衛朱由檢南巡的京師禁衛軍。張世澤早晚要率部返回延綏，朱由檢也不能久離北京，這些軍隊都得調回。所以必須編練新軍，才能控制整個江南。
至于江南禁衛軍新軍兵源，主要有三個方面。一是那八萬江東農兵，再就是俘虜的十多萬反賊兵，第三就是洪承疇征召的數萬南京鄉勇。
江東農兵，從征召到現在不過一個多月時間，操練的時間太短，連統一的軍裝都沒有，根本算不得軍隊，最起碼距離禁衛軍的標準還很遠。
若是論兵源的話，其實以江東農兵最為合適。因為已經開展的分田分地，翻身做了主人，這些農兵忠心方面完全沒有問題。而且都是農民，踏實肯干，老實聽話，是最好的兵源人選。而最重要的是這些農兵都經過了一段時間的操練，有了一定的基礎。
不過一支軍隊不能都是一個地方的人，不然將來肯定會在軍中出現地方軍官團體。而且這八萬全部加入的話數量也太多，而江東各府失去了這八萬壯勞力，對地方發展也會有影響。很多農兵是家里的頂梁柱，還有好多是獨生子，根本不適合長時間當兵在外。
在和洪承疇、袁可立等人商議后，經過慎重考慮，朱由檢決定給江東農兵四萬名額，也就是說，會從這八萬人中抽調四萬人編入禁衛新軍。
禁衛軍的待遇眾所周知，平均餉銀是其他軍隊兩倍以上，而且餉銀按時發放從不克扣，一人當兵所獲餉銀，足以養活一家。最重要的是禁衛軍的地位，每年地方鄉鎮官吏的人選會從禁衛軍退役官兵從挑選。普通禁衛軍士兵退役歸鄉之后，當個村長，或者在鄉鎮政府中當個吏員毫無問題。
這對普通百姓來說是莫大的吸引。對普通百姓來說，以往想當官只有一個途徑，便是讀書，但不是所有人讀書都有天分，更多的是讀書不行的普通人，而現在，這些普通人多了一個選擇，可以選擇參軍，退役以后便可去政府做事。
成立禁衛軍新軍的事情一經傳出，立刻在農兵中引起了轟動，所有農兵都躍躍欲試，都希望能夠選中自己。等到正式選調之時，競爭會有多么激烈可以想象。
至于南京鄉勇，并不是所有人都想當兵。畢竟好男不當兵的觀念早已深入人心。而且這些鄉勇都是南京人，堂堂正正的京城人，平日里只要踏實肯干，賺錢要比其他地方容易的多，很多人對當兵并不敢興趣。這些鄉勇之所以應征為鄉勇，是因為戰事在即，一是害怕城破后自家會遭難，再就是加入鄉勇可以掙得一份錢糧，用以養家。
現在戰爭結束了，他們完全可以重操舊業，賺錢養家并無多少問題，自然不愿背井離鄉當兵打仗。
當然也不是所有人都不愿當兵，也有相當一部分鄉勇愿意加入禁衛軍。畢竟再是京城人，也有很窮的，禁衛軍的餉銀有相當的吸引力。再就是看重了禁衛軍的地位，想著以后能獲得一個官府身份，加入禁衛軍是一個不錯的途徑。
事實上對要不要從南京本地人征召禁衛軍，李彥直張世澤洪承疇等臣也有爭論。按照李彥直的看法，根本就不需要從城市人中征兵，城市人太過油滑，不是當兵的好人選。
洪承疇卻堅持應該給鄉勇們一定名額，因為畢竟這些鄉勇在守城中出力不小。若是沒有這些鄉勇，想堅守南京內城一個月絕無可能。
仔細考慮后，朱由檢決定給予南京鄉勇兩萬名額，用于犒賞他們的功勞。
至于剩下的四萬名額，則全部給予十多萬俘虜。
之所以在俘虜中招兵，是出于多重考慮。
一是為了穩定俘虜之心，為將來反攻江西乃至在江西進行均田改制做好準備。這些俘虜來自江西各地，大部分是造反的江西貧民，剩下的是原江西衛所兵，都生活在社會底層。把他們中的一部分吸納入禁衛軍，宣揚皇帝即將施行的政策，將來可以通過他們迅速穩定整個江西。
再就是這些俘虜素質確實不錯，無論是先前的衛所兵，還是原先造反的反賊，都出自社會底層，原先都是吃苦耐勞的百姓，而且都具備了一定的軍事素質，招納他們入禁衛軍，至少會省去很多訓練的時間。
分配好兵額之后，接下來便是練兵將領人選。經過慎重考慮之后，朱由檢決定，由平北侯延綏總兵張世澤為練兵總理，全權負責禁衛行軍的操練。而張世澤所部延綏兵三千人，再加上李定國所部千余人，以這四千人為基礎，編練十萬禁衛軍。
這些延綏兵不遠數千里一路跟隨到南京，在山東剿過匪，在河南平定過紅巾軍，又在南京之戰中立下了大功，自然應該得到升賞。禁衛新軍成立以后，他們無論官兵個個都會升職，便是普通士兵也會被任命為什長甚至總旗官。
至于張世澤，只有練兵權力，等到禁衛新軍練成，將會把他調回延綏，以后他將和這支江南禁衛軍再沒有關系。
十萬人，共分為十個師，其中兩個是水兵師，配以大量的江船。江南多水鄉，行軍也多沿著河流行軍，水師還是非常重要的。
還有一個是騎兵師，準備配上大量戰馬，江南雖然多山多水，但也有相當一部分平原，騎兵若是用得好能起到大作用。剩下的則都是步兵師，裝備火銃火炮，以步戰為主。
十萬禁衛新軍，裝備起來需要太多的武器鎧甲，還有各式火銃火炮，要想完全裝備完成，至少需要數百萬兩銀子的花費。即便原先有不少武器鎧甲輜重，南京之戰也從叛軍手中繳獲了大量的武器，但仍然不夠。實在是原先農兵和反賊的武器太過繁雜，不敷使用。
好在剛剛進行了大規模的抄家行動，南京城內的勛貴、官員、士紳幾乎被抄了一個遍，抄出的銀兩財富還沒統計清楚，但絕對是一個天文數字，粗略估計，超過千萬兩銀子絕對沒有問題。
幾乎整個南京上層都被抄了家，算是集合整個南京城的財富用來供養軍隊，別說十萬禁衛軍，便是編練二十萬也沒有問題。
張世澤為練兵總理，負責新兵的挑選訓練。
袁可立則被任命為練兵協理，負責武器鎧甲裝備，糧草輜重等等。這些事情原本是兵部的事，現在北京兵部指望不上，南京兵部官員又被清理一空。經過考慮之后，朱由檢決定重新整頓南京官場，任命袁可立暫時為南京兵部尚書，兼練兵協理，協同張世澤一起編練禁衛新軍。至于南京兵部衙門其他官員，則從侍從南下的官吏中抽調。
按道理說，消滅了二十萬反賊之后，應該迅速向江西反賊展開進攻，徹底平定江西之亂。但南京需要善后的事情實在太多，以至于根本抽不出jing力進攻江西。
就繼續進兵問題，朱由檢召集眾手下商議。洪承疇建議暫緩進攻江西，先把南京周圍府縣拿下來再說。
在反賊攻入南京外城以后，應天府所屬各縣，以及南直隸所屬江南各府，紛紛選擇投降了反賊。這些府縣距離南京太近，很多還位于進兵江西的路上，必須先收復再說。
好在這些府縣占地雖廣，但并沒有什么軍隊，頂多是士紳召集的地方軍，戰斗力連反賊都不如，收復起來并不困難。
“以臣看來，不宜倉促進兵，而應該穩扎穩打，打下一處地盤，便立刻進行均田改制。穩定一處之后，再攻打下一處反賊。”洪承疇建議道。
“若是這樣的話，恐怕至少半年時間才能拿下江南各府，攻打江西至少要到秋天。可若是不迅速打下江西湖廣，就沒法從江西湖廣調糧，怎么解決江西四府糧荒問題？”朱由檢皺眉道。
“陛下放心，二十萬反賊被全殲，袁崇煥被抓住凌遲的事情很快便會傳到江西湖廣。那些造反的士紳必然膽寒不已。二十萬反賊大軍都完了，江西剩下軍隊根本就沒多少，湖廣兵更是不值一提，現在不管是江西還是湖廣士紳定然都人心惶惶，生怕禁衛軍會殺過去。
臣估計，用不了多久，江西反賊甚至湖廣反賊內部都會生亂，那些士紳必然會爭先恐后的想法接觸咱們，試圖能免其死罪。所以根本就不用發兵攻打，江西甚至湖廣的糧商會自發運糧到江東，到時糧荒問題自解。”洪承疇解釋道。
南京之戰，二十萬反賊被全殲，必然嚇壞各地士紳官員，讓這些人再不敢反抗。繼續造反的話肯定死路一條，自己難逃一死不說，還會牽連家族。不造反的話，禁衛軍攻過去之后，頂多田地被分家奴被釋放，性命還是能保住的。和性命相比，田地等身外之物就算不了什么了。
“真的會這樣嗎？”朱由檢將信將疑。畢竟整個江東四府有五六百萬百姓，一旦出現糧荒，必然會影響剛剛凝聚的人心，朱由檢不愿看到這種情形出現。
“朕希望夏天之前能夠攻下江西、湖廣，最好不要影響夏糧征收。畢竟北方還指望著江南的漕糧。”朱由檢道。
“陛下說的是，是臣考慮的不周全。”洪承疇想了想，“這樣吧，現在就發兵進攻南直各府，打下之后進行均田改制的同時，繼續進攻江西，同時分兵進攻湖廣。江西、湖廣的均田改制今年暫時不進行，等到冬天時再做。”
“如此甚好。”朱由檢點點頭，同意了洪承疇的提議。
于是朱由檢下旨，封李定國為討逆將軍，帶領jing兵三千，負責攻打南直各府。隨同李定國的還有在鎮江考試招募的大量官吏，每打下一個州縣，都會由這些官吏在當地進行均田，均田的同時會設立鎮村二級組織，同時在當即招募農兵作為地方武裝力量。
與此同時，南京城內也要進行整頓。南京內外兩城的百姓屬于應天府管轄，分屬上元、江寧二縣，經過商議后，朱由檢決定在縣下設坊，整個南京城共設了三十六個坊，每個坊設坊長一名，正八品，佐吏若干，負責整個坊的管理工作，坊的地位和鎮相同。
隨著新收復地盤增多，需要用到大量的官吏，僅憑朱由檢現在手中的官吏，數量是遠遠不足，接下來還要在南京城進行一次吏考，選拔基層吏員。
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